MPŠ
MPŠ MP&Scaron MP&Scaron MP&Scaron Avtorji lukatarina

Mednarodna
podiplomska šola
Jožefa Stefana

Jamova 39
SI-1000 Ljubljana
Slovenija

Tel: (01) 477 31 00
Faks: (01) 477 31 10
E-pošta: info@mps.si

Išči

Opis predmeta

Evolucijska genomika (NANO3)

Programi:

Nanoznanosti in nanotehnologije, 2. stopnja
Nanoznanosti in nanotehnologije, 3. stopnja

Sodelavci:

doc. dr. Dušan Kordiš

Cilji:

Študent pridobi znanje o organizaciji, delovanju in analizi celotnih genomov (prokariontskih in evkariontskih) z evolucijskega vidika, pomen razumevanja informacij, ki so skrite v genomskih sekvencah ter mehanizmov in vzorcev evolucije genomov. Študenti bodo spoznali in uporabljali specializirane genomske in proteomske podatkovne baze ter metode molekularne evolucije za prepoznavanje in ovrednotenje evolucije posameznih genomskih komponent.

Vsebina:

Kaj je genom?
Razumevanje genomskih zaporedij.
Anatomija eukariontskih in prokariontskih genomov.
Regulacija delovanja genoma.
Struktura in dinamika genomov.
Molekularni vzroki evolucije genomov.
Vzorci genomske evolucije.
Filogenetika in filogenomika.
Evolucija proteinov.

Laboratorijske vaje (računalnik):
Genomske podatkovne baze.
Specializirane proteomske databaze.
Evolucijske analize genomskih sekvenc.
Evolucijske analize proteomov.

Temeljna literatura in viri:

1. Lynch, M. (2007) The Origins of Genome Architecture. Sinauer.

2. Brown, T.A. (2006) Genomes. 3rd Edition, Garland Science.

3. Patthy, L. (2007). Protein Evolution. 2nd ed. Blackwell, Oxford.

4. Nei, M. & Kumar, S. (2000) Molecular Evolution and Phylogenetics. Oxford Univ. Press.

5. Graur, D. & Li, W. H. (1999) Fundamentals of Molecular Evolution. 2nd edition. Sinauer.

Izbrane reference nosilca:

1. Kordiš, D.and Gubenšek, F. (2000) Adaptive evolution of animal toxin multigene families. Gene 261:43-52.

2. Župunski, V. Gubenšek, F.and Kordiš, D. (2001) Evolutionary dynamics and evolutionary history in the RTE clade of non-LTR retrotransposons. Mol. Biol. Evol. 18:1849-1863.

3. Lovšin, N. Gubenšek, F. and Kordiš, D. (2001) Evolutionary dynamics in a novel L2 clade of non-LTR retrotransposons in Deuterostomia. Mol. Biol. Evol. 18:2213-2224.

4. Kordiš, D. Križaj, I. and Gubenšek, F. (2002) Functional diversification of animal toxins by adaptive evolution. V knjigi Perspectives in Molecular Toxinology (ed. by Menez, A.). pp. 401-419, John Wiley & Sons, Ltd.

5. Gorinšek, B. Gubenšek, F. and Kordiš, D. (2004) Evolutionary genomics of chromoviruses in Eukaryotes. Mol. Biol. Evol. 21:781-798.

6. Novinec, M. Kordiš, D. Turk, V. and Lenarčič, B. (2006). Diversity and evolution of the thyroglobulin type-1 domain superfamily. Mol. Biol. Evol. 23:744-755.

7. Kordiš, D. Lovšin, N. and Gubenšek, F. (2006). Phylogenomic analysis of the L1 retrotransposons in Deuterostomia. Syst. Biol. 55:886-901.

Načini preverjanja znanja:

Ustni izpit in predstavitev seminarja.

Obveznosti študentov:

Ustni izpit in predstavitev seminarja.

Zunanje povezave: