PREDMETI

Cilji

Cilj predmeta je, da se študent seznani s teoretičnimi osnovami in praktičnimi pristopi k določevanju 3-dimenzionalne strukture makromolekul v kristalih. Pri svojem delu bo uporabljal najnovejšo tujo strokovno literaturo, kar bo izboljšalo njegove sposobnosti uporabe tujega jezika in kritičnega pogleda na objavljeno raziskovalno delo. Po uspešno zaključenem predmetu bi morale kompetence študentov doseči nivo samostojnega določevanja in interpretacije struktur makromolekul v kristalih. Splošne kompetence: - obvladanje raziskovalnih metod in postopkov, razvoj kritične in samokritične presoje, - sposobnost uporabe znanja v praksi, - razvoj komunikacijskih sposobnosti in spretnosti, posebej komunikacije v mednarodnem okolju, - kooperativnost, delo v skupini in tudi v mednarodnem okolju.

Predmetnik

Preverjanje čistosti in stabilnosti makromolekul Kristalizacija makromolekul Snemanje in procesiranje podatkov Faziranje kristalografskih struktur z vsaj eno od metod: - molekularne zamenjave - multi valovna anomalna disperzija (MAD,SAD) - multipla in enojna izomorfna zamenjava (MIR,SIR) Modifikacija elektronske gostote: - identifikacija proteinske regije in topila - postopki modifikacije regije proteina in topila - uporaba ne kristalografske simetrije - povprečenje elektronske gostote Interpretacija elektronske gostote - avtomatsko in - manualno grajenje molekularnih modelov Fitanje in predelovanje modelov - tarčne funkcije (metoda najmanjših kvadratov in maksimalne podobnosti) - počasno in hitro ohlajanje pregretih modelov Analiza in preverjanje struktur Biološka interpretacija modelov: - pisanje članka - zastavitev nadaljnjih raziskav