MPŠ
MPŠ MP&Scaron MP&Scaron MP&Scaron Avtorji

Mednarodna
podiplomska šola
Joefa Stefana

Jamova 39
SI-1000 Ljubljana
Slovenija

Tel: (01) 477 31 00
Faks: (01) 477 31 10
E-pošta: info@mps.si

Išči

Opis predmeta

Metabolomika v živilih

Programi:

Ekotehnologije, 3. stopnja

Sodelavci:

prof. dr. Urška Vrhovšek

Cilji:

Cilj tega predmeta je dati študentom znanje, kako izvesti metabolomsko študijo, od začetka do konca. Predmet vsebuje vse od načrta eksperimentalnega poskusa, priprave vzorcev, uporabo masne spektrometrije za globalno profiliranje (netarčna metabolomika) in ciljno usmerjene metodologije (tarčna metabolomika) in tudi znanja o analizi podatkov.

Vsebina:

Metabolom živil je celota spojin z nizko molekulsko maso v posameznem živilu in je lahko zelo kompleksen, saj pogosto obsega več tisoč kemijskih spojin. Živilska metabolomika se danes lahko šteje kot dragoceno orodje za ocenjevanje kakovosti, varnosti in porekla hrane, ter učinkov na zdravje, povezanih s hrano. Študenti se bo srečal z različnimi metabolomskimi pristopi v analizi različnih kemijskih skupin metabolitov hrane. Dobili bodo dobili znanje, kako pravilno načrtovati poskus za študije metabolomike. Seznanili se bodo z različnimi tehikamni priprave vzorcev in kontrolo kakovosti primernih v metabolomskih studijah. V okviru predmeta se bodo seznanili z različnimi analitskih tehnikami, ki se uporabljajo tako v tarčni in kot netarčni metabolomiki: tekočinsko kromatografijo, plinsko kromatografijo v povezavi s masno spektrometrijo in tudi nekaj osnovnih informacij o principu NMR metabolomike. Študenti bodo spoznali osnove metodologije podatkovnega rudarjenja kompleksnih podatkovnih nizov in pridobili znanje, kako iz njih pridobiti biološko pomembne informacije.

Temeljna literatura in viri:

1) Saito K, Dixon RA, Willmitzer L. 2006 Plant Metabolomics: 57 (Biotechnology in Agriculture and Forestry) Kindle Edition, Springer, 347 p
2) Villas-Bas SG, Roessner U., Hansen MAE, Smedsgaard J, Nielsen J (2007) Metabolome Analysis: An Introduction, John Wiley & Sons, Inc., 311 p.
3) Weckwerth, W. 2007 Metabolomics: Methods in Molecular Biology 2007, Humana press, 293 p.
4) Robert D. Hall. 2011. Annual Plant Reviews, Volume 43, Biology of Plant Metabolomics, 420 p.
5) Pregledni članki iz revije Metabolomics

Izbrane reference nosilca:

Beckner Whitener, M.E., Stanstrup, J., Panzeri, V., Carlin, S., Divol, B., Du Toit, M., Vrhovsek, U.
Untangling the wine metabolome by combining untargeted SPMEGCxGC-TOF-MS and sensory analysis to profile Sauvignon blanc co-fermented with seven different yeasts
(2016) Metabolomics, 12 (3), art. no. 53, pp. 1-25.

Fontana, A., Copetti, M., Di Gangi, I.M., Mazza, T., Tavano, F., Gioffreda, D., Mattivi, F., Andriulli, A., Vrhovsek, U., Pazienza, V. Development of a metabolites risk score for one-year mortality risk prediction in pancreatic adenocarcinoma patients (2016) Oncotarget, 7 (8), pp. 8968-8978.

Gasperotti, M., Masuero, D., Guella, G., Mattivi, F., Vrhovsek, U. Development of a targeted method for twenty-three metabolites related to polyphenol gut microbial metabolism in biological samples, using SPE and UHPLC-ESI-MS/MS (2014) Talanta, 128, pp. 221-230.

Vrhovsek, U., Lotti, C., Masuero, D., Carlin, S., Weingart, G., Mattivi, F. Quantitative metabolic profiling of grape, apple and raspberry volatile compounds (VOCs) using a GC/MS/MS method
(2014) Journal of Chromatography B: Analytical Technologies in the Biomedical and Life Sciences, 966, pp. 132-139.

Gika, H.G., Theodoridis, G.A., Vrhovsek, U., Mattivi, F. Quantitative profiling of polar primary metabolites using hydrophilic interaction ultrahigh performance liquid chromatography-tandem mass spectrometry (2012) Journal of Chromatography A, 1259, pp. 121-127.

Vrhovsek, U., Masuero, D., Gasperotti, M., Franceschi, P., Caputi, L., Viola, R., Mattivi, F.
A versatile targeted metabolomics method for the rapid quantification of multiple classes of phenolics in fruits and beverages (2012) Journal of Agricultural and Food Chemistry, 60 (36), pp. 8831-8840.

Theodoridis, G., Gika, H., Franceschi, P., Caputi, L., Arapitsas, P., Scholz, M., Masuero, D., Wehrens, R., Vrhovsek, U., Mattivi, F.
LC-MS based global metabolite profiling of grapes: Solvent extraction protocol optimisation
(2012) Metabolomics, 8 (2), pp. 175-185.

Načini preverjanja znanja:

Seminar (50%)
Ustni zagovor seminarske naloge (50%)

Obveznosti študentov:

Seminar
Ustni zagovor seminarske naloge

Zunanje povezave: