MPŠ
MPŠ MP&Scaron MP&Scaron MP&Scaron Avtorji

Mednarodna
podiplomska šola
Jožefa Stefana

Jamova 39
SI-1000 Ljubljana
Slovenija

Tel: (01) 477 31 00
Faks: (01) 477 31 10
E-pošta: info@mps.si

Išči

Opis predmeta

Računska sistemska biologija

Programi:

Informacijske in komunikacijske tehnologije, 3. stopnja

Sodelavci:

prof. dr. Kristina Gruden
prof. dr. Sašo Džeroski

Cilji:

Cilj predmeta je seznaniti študenta s področjem sistemske biologije, vključno z metodološkimi pristopi v eksperimentalnem delu, analizi podatkov in modeliranju.

Kompetence študenta z uspešno zaključenim predmetom bodo vključevale razumevanje osnovnih pojmov z obeh področij, poznavanje sodobnih metod in njihovo praktično uporabo.

Vsebina:

Uvod:
Koncept sistemske biologije

Eksperimentalni pristopi:
Transkriptomika, proteomika,
metabolomika

Spremljanje dinamike bioloških sistemov

Analiza 'omskih' podatkov:
Postopek analize podatkov, analize podatkov:
posameznih platform, integrativna analiza
podatkov, metode strojnega učenja v
sistemski biologiji

Modeliranje strukture in dinamike bioloških
omrežij:
Vrste bioloških omrežij, formalizmi za
modeliranje omrežij, modeliranje dinamičnih
sistemov, kinetično modeliranje v sistemski
biologiji

Zgledi in študije primerov

Temeljna literatura in viri:

Izbrana poglavja iz naslednjih knjig:

• O. Demin, and I. Goryanin, Kinetic Modelling in Systems Biology. Chapman & Hall/CRC, 2008. ISBN 978-1-5848-8667-9
• E. Klipp, W. Liebermeister, C. Wierling, and A. Kowald. Systems Biology: A Textbook. Wiley-VCH, 2009. ISBN 978-3-5273-1874-2
• S. Choi, Ed. Systems Biology for Signaling Networks. Springer, 2010. ISBN 978-1-4419-5796-2
• S. Džeroski, B. Goethals and P. Panov, Eds. Inductive Databases and Constraint-Based Data
Mining. Springer, 2010. ISBN 978-1-4419-7737-3

Izbrane reference nosilca:

• Radivojac, P., ..., Džeroski, S., et al. A large-scale evaluation of computational protein function prediction, Nature Methods 10(3):221-7, 2013.
• Carotenuto, M., ..., Džeroski, S., et al. Neuroblastoma tumorigenesis is regulated through the Nm23-H1/h-Prune C-terminal interaction. Scientific Reports, 3:1351, 2013.
• Škunca, N., Bošnjak, M., Kriško, A., Panov, P., Džeroski, S., Šmuc, T. Phyletic profiling with cliques of orthologs Is enhanced by signatures of paralogy relationships. PLOS Computational Biology, 9(1): e1002852, 2013.
• Podpečan, V., Lavrač, N., Mozetič, I., Kralj Novak, P., Trajkovski, I., Langhor, L., Kulovesi, K., Toivonen, H., Petek, M., Motaln, H., Gruden, K. SegMine workflows for semantic microarray data analysis in Orange4WS. BMC Bioinformatics, 12: 416-1-416-16, 2011.
• Miljkovic, D., Stare, T., Mozetič, I., Podpečan, V., Petek, M., Witek, K., Dermastia, M., Lavrač, N., Gruden, K. Signalling network construction for modelling plant defence response. PLoS ONE, 7(12): e51822, 2012.
• Ramšak, Ž., Baebler, Š., Rotter, A., Korbar, M., Mozetič, I., Usadel, B., Gruden, K. GoMapMan : integration, consolidation and visualization of plant gene annotations within the MapMan ontology. Nucleic Acids Research, 42: D1167-D1175, 2014.

Načini preverjanja znanja:

Ustni izpit (50%)
Seminarska naloga z ustnim zagovorom (50%)

Obveznosti študentov:

Ustni izpit
Seminarska naloga in ustni zagovor seminarske naloge.

Zunanje povezave: