MPŠ
MPŠ MP&Scaron MP&Scaron MP&Scaron Avtorji

Mednarodna
podiplomska šola
Jo˛efa Stefana

Jamova 39
SI-1000 Ljubljana
Slovenija

Tel: (01) 477 31 00
Faks: (01) 477 31 10
E-pošta: info@mps.si

Išči

Opis predmeta

Biomolekularne simulacije

Programi:

Nanoznanosti in nanotehnologije, 3. stopnja

Sodelavci:

doc. dr. Janez Mavri

Cilji:

Študent bo dobil vpogled v probleme biomolekularnih simulacij: kvantno mehanske metode, metode na osnovi molekulske mehanike, ki omogočajo termično povprečenje, modeliranje kemijskih reakcij v raztopinah, encimatske reakcije in načrtovanje inhibitorjev. Sestavni del predmeta je praktično delo z računalnikom.

Vsebina:

· Časovno odvisna in časovno neodvisna Schrödingerjeva enačba
· Polje sile
· Kemijske reakcije v plinski fazi
· Molekulska dinamika in Monte Carlo simulacija
· Refinement: Vključitev eksperimentalnih podatkov
· Kako izračunati razlike v prostih energijah
· Kemijska reakcija v encimski okolici
· Simulacija tuneliranja: Born-Oppenheimerjeva aproksimacija ne velja več
· Design inhibitorjev na osnovi strukture prehodnega stanja
· Modelna študija i) Dinamika protona v apoencima HIV-1 proteaze
· Modelna študija ii) Ireverzibilna inhibicija HIV-1 proteaze
· Modelna študija iii) Karcinogeneza, ki jo povzročajo aromatske snovi
· Prihodnost biomolekularnih simulacij

Temeljna literatura in viri:

Warshel, A. (1991): Computer modeling of chemical reactions in enzymes and slutions. J. Wiley

Field, M.J. (2002): Simulating enzyme reactions: Challenges and Perpectives. J. Comp. Chem. 23, str: 48 – 58.

Mavri, J. (1998): Irreversible inhibition of the HIV-1 protease. Int. J. Quant. Chem. 69, str: 753 – 759.

Lensink, M.F., Mavri, J. in Berendsen, H.J.C. (1999): Simulation of a slow reaction with quantum character: Neutral hydrolysis of a carboxylic ester. J. Comp. Chem. 20, str: 886 – 895.

Izbrane reference nosilca:

MAVRI, Janez, KOLLER, Jože, HADŽI, Dušan. Calculations by the semi-ab initio method SAM1 on some hydrogen-bonded systems. J. mol. struct.[Print ed.], 1997, vol. 416, str. 261-268

MAVRI, Janez, HADŽI, Dušan. Influence of solvation on the hydrogen bond in hydrogene malonate: an ab initio and semiempirical study. J. mol. struct., Theochem

MAVRI, Janez, HADŽI, Dušan. Modelling of ligand-receptor interactions: ab-initio and DFT calculations of solvent reaction field effects on methylated ammonium-[pi] and -acetate complexes. J. mol. struct., Theochem

Načini preverjanja znanja:

• seminar in ustni izpit

Obveznosti študentov:

• seminar in ustni izpit

Zunanje povezave: