MPŠ
MPŠ MP&Scaron MP&Scaron MP&Scaron Avtorji

Mednarodna
podiplomska šola
Jožefa Stefana

Jamova 39
SI-1000 Ljubljana
Slovenija

Tel: (01) 477 31 00
Faks: (01) 477 31 10
E-pošta: info@mps.si

Išči

Opis predmeta

Izbrana poglavja iz sinteze proteinov

Programi:

Nanoznanosti in nanotehnologije, 3. stopnja

Sodelavci:

prof. dr. Nenad Ban

Cilji:

Študenti naj bi bili sposobni presoje trenutnega stanja raziskav s področja proteinske sinteze na podlagi podane literature. Študenti naj bi nato napisali sestavek v katerem predlagajo raziskovalni projekt, ki naj bi privedel do novih odkritij na tem področju. Po poslušanju predavanj bodo študenti predstavili svoj raziskovalni projekt.

Vsebina:

Strukture visoke resolucije male ribozomske podenote
− Zgradba male ribozomske podenote
− Interakcije med proteini in RNA
− Vloga in natančnost translacije – dekodiranje

Struktura visoke resolucije velike ribozomske podenote
− Zgradba velike ribozomske podenote
− Vloga ribozoma pri prenosu peptidne vezi
− Tunel v ribozomu in primer mehanizma delovanja antibiotika

Struktura visoke resolucije bakterijskega 70S ribozoma
− Konformacija mRNK
− Interakcije tRNK z ribozomom

Usmerjanje proteina med njegovo sintezo
− Prepoznavanje signalnega zaporedja
− Translokon – usmerjevalni kanal za proteine

Z ribozomom povezani čaperoni in ko-translacijsko zvijanje in procesiranje proteinov
− Sprožitveni faktor – z bakterijskim ribozomom povezani čaperon
− Peptidna deformilaza – mehanizem ko-translacijskega procesiranja nastajajoče verige

Temeljna literatura in viri:

1. Copies of lecture notes

2. Jenni, S., and Ban, N., 2003, The chemistry of protein synthesis and voyage through the ribosomal tunnel. Curr. Opin. Struct. Biol. 13: 212-219.

3. Steitz, T.A., and Moore, P.B., 2003, RNA, the first macromolecular catalyst: the ribosome is a ribozyme. Trends Biochem. SCI.:28 411-418.

4. Ogle, J.M., Carter, A.P., and Ramakrishnan, V., 2003, Insights into the decoding mechanism from recent ribosome structures. Trends Biochem. Sci. 28: 259-266.

5. Clemons, W.M., Ménétret, J.-F., Akey, C. W., and Rapoport, T. A., 2004, Structural insight into the protein translocation channel. Curr. Opin. Struct. Biol. 14:390-396.

6. Ramakrishnan, V., 2002, Ribosome Structure and the Mechanism of Translation. Cell 108: 557-572.

Izbrane reference nosilca:

1) Ban, N., Nissen, P., Hansen, J., Moore, P. B., and Steitz, T. A., 2000, The complete atomic structure of the large ribosomal subunit at 2.4 A resolution. Science 289: 905-920.

2) Wimberly, B. T., Brodersen, D. E., Clemons, W. M., Jr., Morgan-Warren, R. J., Carter, A. P., Vonrhein, C., Hartsch, T., and
Ramakrishnan, V., 2000, Structure of the 30S ribosomal subunit. Nature 407: 327-339.

3) Carter, A. P., Clemons, W. M., Brodersen, D. E., Morgan-Warren, R. J., Wimberly, B. T., and Ramakrishnan, V., 2000, Functional insights from the structure of the 30S ribosomal subunit and its interactions with antibiotics. Nature 407, 340-348.

4) Ferbitz, L., Maier, T., Patzelt, H., Bukau, B., Deuerling, E., and Ban, N., 2004, Trigger factor in complex with the ribosome forms a molecular cradle for nascent proteins. Nature 431: 590-596.

5) Selmer, M., Dunham, C. M., Murphy IV, F. V., Weixlbaumer, A., Petry, S., Kelley, A. C., Weir, J. R., and Ramakrishnan, V., 2006. Structure of the 70S ribosome complexed with mRNA and tRNA. Science 313, 1935-1942.

6) Schaffitzel, C., Oswald, M., Berger, I., Ishikawa, T., Abrahams, J.P., Koerten, H.K., Koning, R.I. & Ban, N., 2006, Structure of the E. coli signal recognition particle bound to a translating ribosome. Nature 444, 503-506

7) Bingel-Erlenmeyer R, Kohler R, Kramer G, Sandikci A, Antolić S, Maier T, Schaffitzel C, Wiedmann B, Bukau B, Ban N.
A peptide deformylase-ribosome complex reveals mechanism of nascent chain processing. Nature 452(7183): 108-11

Načini preverjanja znanja:

Ustni izpit in predstavitev raziskovalnega projekta.

Obveznosti študentov:

Udeležba na predavanjih in sodelovanje v
diskusijah.

Zunanje povezave: