Doktorska disertacija
PURY: Knjižnica topoloških in geometrijskih parametrov za male molekule
Ogledi: 6 | Prenosi: 6
Povzetek
Število in raznolikost makromolekulskih struktur v kompleksih s hetero ligandi raste, s tem pa tudi potreba
po hitri pripravi pravilnih geometrijskih parametrov za izboljševanje (refinement) ujemanja le-teh, saj
primerjava ujemanja pokaže razlike, pogosto odločilne za razumevanje biološke pomembnosti struktur.
Sedanji standard za opis geometrije proteinskih struktur je set Engh-Huberjevih parametrov. Set je
pripravljen s skrbno izbiro in analizo kristalnih struktur majhnih molekul, izbranih iz baze Cambridge
Structural Database (CSD). Vendar je ročna izbira in analiza struktur nepraktična in je zato ne uporabljamo
za pripravo seta, ki bi zagotavljal pravilne geometrijske parametre za naraščajoče število različnih struktur
malih molekul. Baza PURY je bila razvita za avtomatizirano analizo, generiranje geometrijskih parametrov
in distribucijo le-teh preko spletne strani. Pripravljena je z analizo celotne baze CSD. Vsebuje listo vseh
razredov atomov, vezi, ki jih povezujejo, prav tako kotov, ravninskih (dihedralnih) kotov ter planarnih in
konformacijskih izrazov. Trenutna baza parametrov temelji na verziji 5.28 baze CSD in vsebuje 1978
razredov atomov, 32702 vezi, 237068 kotov, 201860 ravninskih (dihedralnih) kotov ter 64193 izrazov za
opis planarnosti oziroma kiralnosti. Analize so potrdile, da so parametri, ki jih vsebuje in ponuja baza
PURY, primerne za izboljševanje struktur malih molekul in proteinov in da predstavljajo pomemben
dodatek kristalografski skupnosti. Do baze lahko uporabniki dostopajo preko spletne strani
“http://pury.ijs.si“, ki po vnosu koordinat molekule uporabniku ponudi datoteke z opisom topologije
molekule in pripadajočimi parametri, pripravljene za izboljševanje s programi MAIN, CNS in RefMac.
Spletni strežnik bo v bližnji prihodnosti prestavljen na strani CCDC.