REPOZITORIJ > REZULTATI

Povzetek

Metagenomika, ki temelji na visokozmogljivem sekvenciranju (HTS), je omogočila novo obdobje odkrivanja in genomske karakterizacije virusov, povezanih z določenim gostiteljem ali okoljem. Iskanje novih virusnih sekvenc ponuja odlično priložnost za izboljšanje zgodnjega odkrivanja patogenov, za napovedovanje virusnih gostiteljev in okoljskih rezervoarjev pred pojavom pomembnih izbruhov bolezni. Študije virusov, ki temeljijo na HTS, so še vedno zahtevne, zlasti v kompleksnih matriksih, zaradi velike raznolikosti virusov, velikega deleža neznanih in še neodkritih virusov ter različnih lastnosti matriksov, ki vsebujejo viruse. Za odkrivanje virusov in študije raznolikosti v kompleksnih matriksih vzorcev smo uporabili netarčni metagenomski pristop, pri čemer smo obravnavali ekološke, etiološke in biofarmacevtske vidike raziskav viromov.
Ocenili smo sestavo viroma odpadne vode z uporabo optimizirane metode za koncentriranje virusov, ki sta ji sledila HTS in testi infektivnosti. Osredotočili smo se na virom rastlinskih virusov in zaznali predstavnike 47 vrst rastlinskih virusov, vključno z porajajočimi se rastlinskimi patogeni. Dokazali smo tudi infektivnost za patogene in ekonomsko pomembne rastlinske viruse iz rodu Tobamovirus (družina Virgaviridae), ki ostanejo infektivni tudi po konvencionalnem čiščenju odpadne vode. Ti rezultati izpostavljajo tveganja, povezana s širjenjem virusov z odpadno vodo v širši ekosistem in nenadzorovano uporabo reciklirane vode za namakanje. Hkrati rezultati kažejo, da je odpadno vodo mogoče uporabiti za zgodnje odkrivanje in spremljanje rastlinskih virusov.
Karakterizirali smo virom signalnega raka (Pacifastacus leniusculus), pomembne sladkovodne nevretenčarske invazivne vrste, vključno s potencialnimi razlikami v virusni sestavi in številčnosti vzdolž območja invazije. Študija je privedla do odkritja novih in divergentnih RNA virusov, vključno z reo, hepe, toti in picorna podobnimi virusi, povezanimi s signalnimi raki, njihovimi filogenetskimi odnosi in potencialno povezavo z opaženimi patologijami. Poleg tega so rezultati omogočili boljše razumevanje možnega tveganja za prenos virusa kot posledice širitve invazivne vrste.
V biofarmacevtski industriji je virusna kontaminacija ena glavnih skrbi za varnost bioloških zdravil. Za iskanje naključno prisotnih virusov v živalskih celičnih linijah, ki se uporabljajo v biofarmacevtski industriji, smo uporabili metagenomski pristop. Analiza vzorcev produkcijskih in starševskih CHO celičnih linij raznolikega izvora ni pokazala prisotnosti naključno prisotnih virusnih povzročiteljev, vendar smo v vzorcih zaznali pričakovano ozadje virusom podobnih nukleinskih kislin, ki izvirajo iz ostankov ekspresijskih vektorjev, endogeniziranih virusnih elementov in ostankov bakteriofagov. Ta študija služi kot izhodišče za nadaljnje preiskave CHO celičnih linij za iskanje naključno prisotnih virusov z uporabo HTS.