REPOZITORIJ > REZULTATI

Povzetek

RNA virusi so največja skupina virusov. Med njimi so številni povzročitelji bolezni pri ljudeh, živalih in rastlinah. Nekatere skupine žuželk in gliste so znani vektorji rastlinskih in živalskih RNA virusov. Najnovejše analize raznolikosti RNA virusov pri nevretenčarjih so dokazale, da skupina Protostomia predstavlja center raznolikosti RNA virusov. Številne skupine nevretenčarjev so bile doslej slabo analizirane z vidika raznolikosti in razširjenosti RNA virusov, in sicer: ploščati črvi, kožekrilci, metulji, postranice, ceponožci, najstarejše skupine žuželk in najstarejše skupine živali. Namen mojega doktorskega dela je bil analizirati RNA virome zgoraj omenjenih skupin nevretenčarjev; dokazati, da je raznolikost RNA virusov prisotna že pri najstarejših skupinah živali; dokazati, da je raznolikost RNA virusov ohranjena čez celotne nevretenčarje; ter pojasniti evolucijsko in genomsko dinamiko RNA virusnih skupin. Da bi pojasnila razširjenost, evolucijo, genomsko organizacijo in endogenizacijo RNA virusov, sem naredila obsežno filogenomsko analizo RNA virusov v številnih transkriptomih in genomih zgoraj omenjenih skupin nevretenčarjev. V bogatih transkriptomskih podatkovnih bazah sem pridobila celotne genome različnih predstavnikov ssRNA(-), ssRNA(+) in dsRNA virusov. V genomih zgoraj omenjenih skupin nevretenčarjev sem analizirala prisotnost celotnih oz. okvarjenih RNA virusov, kar je pokazalo na pretekle infekcije teh organizmov z različnimi RNA virusi. Z obsežno filogenetsko analizo sem klasificirala nove viruse in analizirala evolucijo RNA virusov pri zgoraj omenjenih skupinah nevretenčarjev.
Našla sem 815 novih RNA virusov in endogeniziranih RNA virusov, ki so spadali v 22 od 25 definiranih klad. RNA virusne klade, ki so prisotne pri vseh skupinah nevretenčarjev, so: Hepe-Virga, Narna-Levi, Mono-Chu, Orthomyxo, Partiti-Picobirna, Picorna-Calici, Tombus-Noda and Toti-Chryso. Najbolj zastopane virusne klade pri analiziranih nevretenčarjih so: Mono-Chu, Partiti-Picobirna in Picorna-Calici. Znotraj klade Picorna-Calici sem ugotovila, da so najbolj zastopane skupine pikornavirusov dicistrovirusi, vodni pikornavirusi in iflavirusi; da so dicistrovirusi in iflavirusi prisotni pri kopenskih in vodnih nevretenčarjih; vodni pikornavirusi pa so omejeni na vodne nevretenčarje. S pomočjo filogenetske analize sem dokazala, da so številni novi RNA virusi znotraj posamezne klade oblikovali nove skupine. Našla sem številne raznolike strukture RNA virusnih genomov, ki so se pojavile že pri predniku živali in so se ohranile pri vseh nevretenčarjih. Najboljši primer za to predstavljajo pikornavirusi. Ugotovila sem, da je večina genomskih struktur novih RNA virusov podobna genomom znanih virusov, ki spadajo v isto skupino. Našla sem tudi najstarejše predstavnike številnih RNA virusnih klad v transkriptomih najstarejših skupin živali z drugačnimi strukturami virusnih genomov. V analiziranih genomih sem našla endogenizirane predstavnike 12 RNA virusnih klad. Ugotovila sem, da je samo klada Mono-Chu endogenizirana pri vseh analiziranih skupinah nevretenčarjev. V doktorskem delu sem dokazala, da so se prvi predstavniki RNA virusnih klad pojavili že pri najstarejših skupinah živali; da se je že pri predniku živali pojavila »eksplozija« raznolikih genomskih struktur RNA virusov; da je center raznolikosti RNA virusov že pri najstarejših skupinah živali; da je raznolikost RNA virusov ohranjena čez celotno skupino nevretenčarjev.