REPOZITORIJ > REZULTATI

Povzetek

Celična stena obdaja bakterijske celice in jim daje mehansko zaščito. Sestoji iz
peptidoglikanske mreže, zgrajene iz polisaharidnih verig, ki so prečno povezane s peptidi.
Avtolizini jo mestoma razgradijo, da omogočijo rast in delitev celic. Med to vrsto encimov
sodijo tudi N-acetilglukozaminidaze, ki cepijo glikozidno vez med NAG in NAM
monosaharidnima ostankoma. Mi smo se osredotočili na patogeni organizem Staphylococcus
aureus, ki predstavlja velik javnozdravstveni problem.
Identificirali smo štiri peptidoglikan N-acetilglukozaminidaze, ki so visoko ohranjene pri
preučevani vrsti, SagB, AtlA-gl, AtlE in ScaH. Določitev struktur je razkrila, da imajo
encimi zelo podobno sekundarno in obenem drugačno terciarno strukturo. Analiza in
primerjava njihovih vezavnih mest za substrat je pokazala, da je za to, da reakcija lahko
poteče, potrebna velika konformacijska sprememba, ki vodi v zapiranje encima. Simulacije
molekularne dinamike so potrdile, da so zaprte konformacije encimov stabilne, vendar le z
vezanim substratom. To kaže na to, da do konformacijske spremembe pride z vezavo
substrata.
Med delom smo preučevali tudi katalitični mehanizem AtlE. Študija je pokazala, da
reakcija lahko poteče z eno katalitično aminokislino. Bolj energetsko ugodno pot predstavlja
kataliza z nukleofilnim napadom vode. Dodatno smo pokazali, da je najbolj verjetno
prehodno stanje oksokarbenijev ion.
Glede na strukturo AtlE smo oblikovali prve spojine, ki jih ta encim veže.
(fenilureido)piperidinil benazmidi so izkazali afiniteto do encima v mikromolarnem
območju.
Rezultati, ki jih predstavljamo tukaj, so osnova za nadaljnjo validacijo Nacetilglukozaminidaz
iz S. aureus kot tarč za razvoj novih zdravil.