REPOZITORIJ > NAJNOVEJŠE

Najnovejša akademska dela

Validacija peptidov kot modelov proteinskih substratov za študije specifičnosti cisteinskih proteaz

Avtor(ji): Jure Loboda (Avtor), Dušan Turk (Mentor)

Leto: 2023

Tip: Doktorska disertacija

Cisteinski katepsini so pomembne endosomalne proteaze, primarno udeležene v razgradnjo proteinov. Nekateri izmed njih so dodatno vključeni v specifične biološke procese, kot so na primer razgradnja kostnega matriksa (katepsin K), predstavitev antigenih peptidov (katepsin S) in procesiranje pro-hormonov (katepsina L in V). Povečana aktivnost katepsinov je zaznana v nekaterih patoloških …

Proizvodnja in karakterizacija kompleksa invariantne verige z MHC II molekulo

Avtor(ji): Dušana Majera (Avtor), Dušan Turk (Mentor), Jaques Neefjes (Somentor)

Leto: 2012

Tip: Doktorska disertacija

Molekule glavnega histokompatibilnega kompleksa (MHC) tipa II so polimorfni površinski glikoproteini, primarno izraženi na specializiranih antigen predstavitvenih celicah. Igrajo bistveno vlogo v adaptivnem imunskem odgovoru. MHC molekule tipa II so podvržene zelo zapletenemu procesu zorenja. Njihova sinteza poteka v endoplazmatskem retikulumu (ER), kjer  in  podenote tvorijo dimere, ki …

Primerjalni vpogled v interakcije proteaz in njihovih inhibitorjev

Avtor(ji): Miha Renko (Avtor), Dušan Turk (Mentor)

Leto: 2010

Tip: Doktorska disertacija

Interakcije med proteini so ključni dogodki v vseh življenjskih procesih, zato je njihova karakterizacija ključna v razumevanju fiziologije in z njo povezanih procesov. Za razumevanja dinamičnih procesov v celicah ni pomembno samo razumevanje končnih stanj, kjer so molekule vezane v komplekse, ampak tudi način približevanje molekul in orientacije pred tvorbo …

Računanje elektrostatskega potenciala okrog proteinov

Avtor(ji): Jure Pražnikar (Avtor), Dušan Turk (Mentor)

Leto: 2009

Tip: Doktorska disertacija

3-dimenzionalna struktura (makro)molekul je interpretacija merjenih podatkov. V primeru kristaliziranih molekul, gre pri tem za interpretacijo difrakcijskega vzorca kristalne mreže pridobljene s sipanjem rentgenskih žarkov na atomih v kristalu. Na srednji resoluciji difrakcijskih podatkov (2Å in nižje) smo pokazali, da povprečena elektronska gostota izračunana iz serije brcnjenih modelov lahko zmanjša …

PURY: Knjižnica topoloških in geometrijskih parametrov za male molekule

Avtor(ji): Miha Andrejašič (Avtor), Dušan Turk (Mentor)

Leto: 2009

Tip: Doktorska disertacija

Število in raznolikost makromolekulskih struktur v kompleksih s hetero ligandi raste, s tem pa tudi potreba po hitri pripravi pravilnih geometrijskih parametrov za izboljševanje (refinement) ujemanja le-teh, saj primerjava ujemanja pokaže razlike, pogosto odločilne za razumevanje biološke pomembnosti struktur. Sedanji standard za opis geometrije proteinskih struktur je set Engh-Huberjevih parametrov. …