Cisteinski katepsini so pomembne endosomalne proteaze, primarno udeležene v razgradnjo proteinov. Nekateri izmed njih so dodatno vključeni v specifične biološke procese, kot so na primer razgradnja kostnega matriksa (katepsin K), predstavitev antigenih peptidov (katepsin S) in procesiranje pro-hormonov (katepsina L in V). Povečana aktivnost katepsinov je zaznana v nekaterih patoloških …
Molekule glavnega histokompatibilnega kompleksa (MHC) tipa II so polimorfni površinski glikoproteini, primarno izraženi na specializiranih antigen predstavitvenih celicah. Igrajo bistveno vlogo v adaptivnem imunskem odgovoru. MHC molekule tipa II so podvržene zelo zapletenemu procesu zorenja. Njihova sinteza poteka v endoplazmatskem retikulumu (ER), kjer in podenote tvorijo dimere, ki …
Interakcije med proteini so ključni dogodki v vseh življenjskih procesih, zato je njihova karakterizacija ključna v razumevanju fiziologije in z njo povezanih procesov. Za razumevanja dinamičnih procesov v celicah ni pomembno samo razumevanje končnih stanj, kjer so molekule vezane v komplekse, ampak tudi način približevanje molekul in orientacije pred tvorbo …
3-dimenzionalna struktura (makro)molekul je interpretacija merjenih podatkov. V primeru kristaliziranih molekul, gre pri tem za interpretacijo difrakcijskega vzorca kristalne mreže pridobljene s sipanjem rentgenskih žarkov na atomih v kristalu. Na srednji resoluciji difrakcijskih podatkov (2Å in nižje) smo pokazali, da povprečena elektronska gostota izračunana iz serije brcnjenih modelov lahko zmanjša …
Število in raznolikost makromolekulskih struktur v kompleksih s hetero ligandi raste, s tem pa tudi potreba po hitri pripravi pravilnih geometrijskih parametrov za izboljševanje (refinement) ujemanja le-teh, saj primerjava ujemanja pokaže razlike, pogosto odločilne za razumevanje biološke pomembnosti struktur. Sedanji standard za opis geometrije proteinskih struktur je set Engh-Huberjevih parametrov. …